AT4G21710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-directed RNA polymerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the unique second-largest subunit of DNA-dependent RNA polymerase II; the ortholog of budding yeast RPB2 and a homolog of the E. coli RNA polymerase beta subunit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB2; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 (InterPro:IPR007120), RNA polymerase Rpb2, domain 7 (InterPro:IPR007641), RNA polymerase, beta subunit, protrusion (InterPro:IPR007644), RNA polymerase Rpb2, domain 3 (InterPro:IPR007645), DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 (InterPro:IPR015712), RNA polymerase Rpb2, domain 2 (InterPro:IPR007642), RNA polymerase Rpb2, domain 4 (InterPro:IPR007646), RNA polymerase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR007121), RNA polymerase Rpb2, domain 5 (InterPro:IPR007647); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear RNA polymerase C2 (TAIR:AT5G45140.1); Has 37546 Blast hits to 27868 proteins in 9192 species: Archae - 496; Bacteria - 17572; Metazoa - 623; Fungi - 7193; Plants - 3397; Viruses - 232; Other Eukaryotes - 8033 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11535684..11542200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 135027.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1188 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEYNEYEPEP QYVEDDDDEE ITQEDAWAVI SAYFEEKGLV RQQLDSFDEF IQNTMQEIVD ESADIEIRPE SQHNPGHQSD FAETIYKISF GQIYLSKPMM 0101: TESDGETATL FPKAARLRNL TYSAPLYVDV TKRVIKKGHD GEEVTETQDF TKVFIGKVPI MLRSSYCTLF QNSEKDLTEL GECPYDQGGY FIINGSEKVL 0201: IAQEKMSTNH VYVFKKRQPN KYAYVGEVRS MAENQNRPPS TMFVRMLARA SAKGGSSGQY IRCTLPYIRT EIPIIIVFRA LGFVADKDIL EHICYDFADT 0301: QMMELLRPSL EEAFVIQNQL VALDYIGKRG ATVGVTKEKR IKYARDILQK EMLPHVGIGE HCETKKAYYF GYIIHRLLLC ALGRRPEDDR DHYGNKRLDL 0401: AGPLLGGLFR MLFRKLTRDV RSYVQKCVDN GKEVNLQFAI KAKTITSGLK YSLATGNWGQ ANAAGTRAGV SQVLNRLTYA STLSHLRRLN SPIGREGKLA 0501: KPRQLHNSQW GMMCPAETPE GQACGLVKNL ALMVYITVGS AAYPILEFLE EWGTENFEEI SPSVIPQATK IFVNGMWVGV HRDPDMLVKT LRRLRRRVDV 0601: NTEVGVVRDI RLKELRIYTD YGRCSRPLFI VDNQKLLIKK RDIYALQQRE SAEEDGWHHL VAKGFIEYID TEEEETTMIS MTISDLVQAR LRPEEAYTEN 0701: YTHCEIHPSL ILGVCASIIP FPDHNQSPRN TYQSAMGKQA MGIYVTNYQF RMDTLAYVLY YPQKPLVTTR AMEHLHFRQL PAGINAIVAI SCYSGYNQED 0801: SVIMNQSSID RGFFRSLFFR SYRDEEKKMG TLVKEDFGRP DRGSTMGMRH GSYDKLDDDG LAPPGTRVSG EDVIIGKTTP ISQDEAQGQS SRYTRRDHSI 0901: SLRHSETGMV DQVLLTTNAD GLRFVKVRVR SVRIPQIGDK FSSRHGQKGT VGMTYTQEDM PWTIEGVTPD IIVNPHAIPS RMTIGQLIEC IMGKVAAHMG 1001: KEGDATPFTD VTVDNISKAL HKCGYQMRGF ERMYNGHTGR PLTAMIFLGP TYYQRLKHMV DDKIHSRGRG PVQILTRQPA EGRSRDGGLR FGEMERDCMI 1101: AHGAAHFLKE RLFDQSDAYR VHVCEVCGLI AIANLKKNSF ECRGCKNKTD IVQVYIPYAC KLLFQELMSM AIAPRMLTKH LKSAKGRQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)