AT4G21590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endonuclease 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative endonuclease but no demonstrable endonuclease activity, either towards single stranded DNA or mismatches, has been seen in vitro. Activated by AGAMOUS in a cal-1, ap1-1 background. Expressed in the floral meristem and during stamen development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
endonuclease 3 (ENDO3); FUNCTIONS IN: endonuclease activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: stamen development, DNA catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase C/P1 nuclease, core (InterPro:IPR008947), S1/P1 nuclease (InterPro:IPR003154); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endonuclease 5 (TAIR:AT4G21600.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11480524..11482574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33425.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 294 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGWSLRMWIV SILVLTQLVN GALCWGDAGH YAVCKIAQSY FEEDTVVAVK KLLPESANGE LAAVCSWPDE IKKLPQWRWT SALHFADTPD YKCNYEYSRD 101: CPKDWCVTGA IFNYTNQLMS TSENSQSIVH YNLTEALMFL SHYMGDIHQP LHEGFIGDLG GNKIKVHWYN QETNLHRVWD DMIIESALET YYNSSLPRMI 201: HELQAKLKNG WSNDVPSWES CQLNQTACPN PYASESIDLA CKYAYRNATA GTTLGDYYFV SRLPVVEKRL AQGGIRLAGT LNRIFSAKRK LARA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)