AT4G20960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase catalyzing the second step in the riboflavin biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, zinc ion binding, diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR016192), CMP/dCMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR002125), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Riboflavin biosynthesis protein RibD (InterPro:IPR004794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT3G47390.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11212077..11213530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46676.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 426 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQISCLPISI PSITPRTSIP LLPSLSSNPR RIFNLTSLQS PNHCFFKRLH KSQTGFSNPV LAAMRREEDV EVDDSFYMRK CVELAKRAIG CTSPNPMVGC 101: VIVKDGDIVG QGFHPKAGQP HAEVFALRDA GELAENATAY VSLEPCNHYG RTPPCTEALI KAKVRRVVIG MVDPNPIVFS SGISRLKDAG IDVTVSVEEE 201: LCKKMNEGFI HRMLTGKPFL ALRYSMSVNG CLLDKIGQGA SDSGGYYSKL LQEYDAIILS SSLSDELSSI SSQEAINVSI QPIQIIVASN AQQSHILASS 301: HTVEESGPKV VVFTAKESVA ESGISSSGVE TVVLEKINLD SILDYCYNRG LCSVLLDLRG NVKDLEVLLR DGFEQKLLQK VIIEVLPEWS TKDERQIASM 401: KWLESKHVKD LQSKQLGGSV LLEGYF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)