AT4G17730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP2 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 23 (SYP23); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, cellular membrane fusion; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Syntaxin/t-SNARE family protein (TAIR:AT5G46860.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9865351..9866635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28605.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 255 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFQDLEAGR GRSLASSRNI NGGGSRQDTT QDVASGIFQI NTSVSTFHRL VNTLGTPKDT PELREKLHKT RLYIGQLVKD TSAKLKEASE TDHQRGVNQK 101: KKIVDAKLAK DFQAVLKEFQ KAQRLAAERE TVYAPLVHKP SLPSSYTSSE IDVNGDKHPE QRALLVESKR QELVLLDNEI AFNEAVIEER EQGIQEIQQQ 201: IGEVHEIFKD LAVLVHDQGN MIDDIGTHID NSYAATAQGK SHLVRHQRHK DQILL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)