AT4G17710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeodomain GLABROUS 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeobox-leucine zipper family protein belonging to the HD-ZIP IV family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeodomain GLABROUS 4 (HDG4); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Lipid-binding START (InterPro:IPR002913), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox-7 (TAIR:AT5G46880.1); Has 10210 Blast hits to 10152 proteins in 479 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 7535; Fungi - 255; Plants - 2198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 218 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9856327..9859288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79281.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 709 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METKDKKEKG HMVLNSDNVF GSVSSSPTTT IQNPNYFTSF ENPNFPYIFP KEEYEVMSKI ESGSGKSTGS GHDPVENTAI EQEPPAAKKK RYHRHTASQI 101: QQMEALFKEN AHPDTKTRLR LSKKLGLSPI QVKFWFQNKR TQIKAQQSRS DNAKLKAENE TLKTESQNIQ SNFQCLFCST CGHNLRLENA RLRQELDRLR 201: SIVSMRNPSP SQEITPETNK NNNDNMLIAE EEKAIDMELA VSCARELAKM CDINEPLWNK KRLDNESVCL NEEEYKKMFL WPLMNDDDRF RREASRANAV 301: IMLNCITLVK AFLDADKWSE MFFPIVSSAK TAQIISSGAS GPSGTLLLMF AELQVVSPLV PTREAYFLRY VEQNAEEGKW MVVDFPIDRI KPASATTTDQ 401: YRRKPSGCII QAMRNGYSQV TWVEHVEVEE KHVQDEVVRE FVESGVAFGA ERWLSVLKRQ CERMASLMAT NITDLGVIPS VEARKNLMKL SQRMVKTFCL 501: NIINSHGQAP TKDTVKIVSR KVCGGLVPCA VSVTLLPYSH QQVFDLLRDN QRLSQLEILF MGSSFQEVAH IANGSHLGNS ISLLRINVES NSSHNVELML 601: QETCTDNSGS LLVYSTVDPV AVQLAMNGED PSEIPLLPVG FSVVPVNPSD GVEGSSVSSP SCLLTVAIQV LGSNVTTERL DLSTVSVINH RICATVNRIT 701: SALVNDVGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)