AT4G17390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L23/L15e family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L23/L15e family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L15e (InterPro:IPR000439), Ribosomal protein L23/L15e, core (InterPro:IPR012678), Ribosomal protein L15e, conserved site (InterPro:IPR020925); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L23/L15e family protein (TAIR:AT4G16720.1); Has 1380 Blast hits to 1379 proteins in 431 species: Archae - 314; Bacteria - 0; Metazoa - 407; Fungi - 163; Plants - 282; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 214 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9714407..9715545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24240.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAYKYVSEL WRKKQSDVMR FLQRVRCWEY RQQPSIVRLV RPTRPDKARR LGYKAKQGFV VYRVRVRRGG RKRPVPKGIV YGKPTNQGVT QLKFQRSKRS 101: VAEERAGRKL GGLRVVNSYW LNEDSTYKYY EIILVDPAHN AVRNDPRINW ICNPVHKHRE LRGLTSEGKK NRGLRGKGHN NHKNRPSRRA TWKKNNSISL 201: RRYR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)