AT4G17340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast intrinsic protein 2;2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
tonoplast intrinsic protein 2;2 (TIP2;2); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: response to salt stress, transport; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tonoplast intrinsic protein 2;3 (TAIR:AT5G47450.1); Has 10928 Blast hits to 10884 proteins in 2182 species: Archae - 82; Bacteria - 5178; Metazoa - 1485; Fungi - 421; Plants - 2525; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1235 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9699318..9700250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25081.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 1.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKIEIGSVG DSFSVASLKA YLSEFIATLL FVFAGVGSAL AFAKLTSDAA LDPAGLVAVA VAHAFALFVG VSIAANISGG HLNPAVTLGL AVGGNITVIT 101: GFFYWIAQCL GSIVACLLLV FVTNGESVPT HGVAAGLGAI EGVVMEIVVT FALVYTVYAT AADPKKGSLG TIAPIAIGFI VGANILAAGP FSGGSMNPAR 201: SFGPAVVSGD FSQIWIYWVG PLVGGALAGL IYGDVFIGSY APAPTTESYP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)