AT4G17230.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.742 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SCARECROW-like 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a scarecrow-like protein (SCL13). Member of GRAS gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SCARECROW-like 13 (SCL13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: scarecrow-like 5 (TAIR:AT1G50600.1); Has 2512 Blast hits to 2467 proteins in 302 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2508; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9661218..9662807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58458.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 529 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQTSQKHHSA AGLHMLYPQV YCSPQFQAKD NKGFSDIPSK ENFFTLESST ASGSLPSYDS PSVSITSGRS PFSPQGSQSC ISDLHHSPDN VYGSPLSGVS 101: SLAYDEAGVK SKIRELEVSL LSGDTKVEEF SGFSPAAGKS WNWDELLALT PQLDLKEVLV EAARAVADGD FATAYGFLDV LEQMVSVSGS PIQRLGTYMA 201: EGLRARLEGS GSNIYKSLKC NEPTGRELMS YMSVLYEICP YWKFAYTTAN VEILEAIAGE TRVHIIDFQI AQGSQYMFLI QELAKRPGGP PLLRVTGVDD 301: SQSTYARGGG LSLVGERLAT LAQSCGVPFE FHDAIMSGCK VQREHLGLEP GFAVVVNFPY VLHHMPDESV SVENHRDRLL HLIKSLSPKL VTLVEQESNT 401: NTSPFLSRFV ETLDYYTAMF ESIDAARPRD DKQRISAEQH CVARDIVNMI ACEESERVER HEVLGIWRVR MMMAGFTGWP VSTSAAFAAS EMLKAYDKNY 501: KLGGHEGALY LFWKRRPMAT CSVWKPNPN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)