AT4G17190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : farnesyl diphosphate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with farnesyl diphosphate synthase activity, which catalyzes the rate limiting step in isoprenoid biosynthesis. Its mRNA is most abundantly expressed in flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
farnesyl diphosphate synthase 2 (FPS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: farnesyl diphosphate synthase 1 (TAIR:AT5G47770.1); Has 5842 Blast hits to 5835 proteins in 1891 species: Archae - 198; Bacteria - 3613; Metazoa - 226; Fungi - 204; Plants - 214; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1387 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9648743..9650865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39828.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 342 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADLKSTFLD VYSVLKSDLL QDPSFEFTHE SRQWLERMLD YNVRGGKLNR GLSVVDSYKL LKQGQDLTEK ETFLSCALGW CIEWLQAYFL VLDDIMDNSV 101: TRRGQPCWFR KPKVGMIAIN DGILLRNHIH RILKKHFREM PYYVDLVDLF NEVEFQTACG QMIDLITTFD GEKDLSKYSL QIHRRIVEYK TAYYSFYLPV 201: ACALLMAGEN LENHTDVKTV LVDMGIYFQV QDDYLDCFAD PETLGKIGTD IEDFKCSWLV VKALERCSEE QTKILYENYG KAEPSNVAKV KALYKELDLE 301: GAFMEYEKES YEKLTKLIEA HQSKAIQAVL KSFLAKIYKR QK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)