AT4G16800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein; FUNCTIONS IN: enoyl-CoA hydratase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: fatty acid metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (InterPro:IPR018376), Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: delta(3,5),delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase 1 (TAIR:AT5G43280.1); Has 38027 Blast hits to 38009 proteins in 2336 species: Archae - 484; Bacteria - 24986; Metazoa - 1599; Fungi - 771; Plants - 617; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9570 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9454931..9457000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32790.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFVKYLRRD NLLQLAGKPS LSRNYILQTC RTLIIETSPP EFVKLNRLSG SDSGIIEVNL DRPVTKNAIN KEMLKSLQNA FESIHQDNSA RVVMIRSLVP 101: GVFCAGADLK ERRTMSPSEV HTYVNSLRYM FSFIEALSIP TIAAIEGAAL GGGLEMALAC DLRICGENAV FGLPETGLAI IPGAGGTQRL SRLVGRSVSK 201: ELIFTGRKID AIEAANKGLV NICVTAGEAH EKAIEMAQQI NEKGPLAIKM AKKAIDEGIE TNMASGLEVE EMCYQKLLNT QDRLEGLAAF AEKRKPLYTG 301: N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)