AT4G16640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.592 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Matrixin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Matrixin family protein; FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, metalloendopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M10, metallopeptidase (InterPro:IPR001818), Peptidoglycan binding-like (InterPro:IPR002477), Peptidase M10A, matrix metallopeptidase (InterPro:IPR021190), Peptidase, metallopeptidase (InterPro:IPR006026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Matrixin family protein (TAIR:AT2G45040.1); Has 2701 Blast hits to 2501 proteins in 212 species: Archae - 6; Bacteria - 141; Metazoa - 2219; Fungi - 5; Plants - 183; Viruses - 44; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9367396..9368490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40530.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 364 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRNLIYRRN RALCFVLILF CFPYRFGARN TPEAEQSTAK ATQIIHVSNS TWHDFSRLVD VQIGSHVSGV SELKRYLHRF GYVNDGSEIF SDVFDGPLES 101: AISLYQENLG LPITGRLDTS TVTLMSLPRC GVSDTHMTIN NDFLHTTAHY TYFNGKPKWN RDTLTYAISK THKLDYLTSE DVKTVFRRAF SQWSSVIPVS 201: FEEVDDFTTA DLKIGFYAGD HGDGLPFDGV LGTLAHAFAP ENGRLHLDAA ETWIVDDDLK GSSEVAVDLE SVATHEIGHL LGLGHSSQES AVMYPSLRPR 301: TKKVDLTVDD VAGVLKLYGP NPKLRLDSLT QSEDSIKNGT VSHRFLSGNF IGYVLLVVGL ILFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)