AT4G16250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phytochrome D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phytochrome photoreceptor with a function similar to that of phyB that absorbs the red/far-red part of the light spectrum and is involved in light responses. It cannot compensate for phyB loss in Arabidopsis but can substitute for tobacco phyB in vivo. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phytochrome D (PHYD); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phytochrome, central region (InterPro:IPR013515), Signal transduction histidine kinase, core (InterPro:IPR005467), PAS fold (InterPro:IPR013767), PAS (InterPro:IPR000014), Phytochrome chromophore attachment domain (InterPro:IPR016132), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), PAS fold-2 (InterPro:IPR013654), Phytochrome A/B/C/D/E (InterPro:IPR012129), Phytochrome (InterPro:IPR001294), Phytochrome chromophore binding site (InterPro:IPR013516), Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (InterPro:IPR003661), GAF (InterPro:IPR003018); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytochrome B (TAIR:AT2G18790.1); Has 26426 Blast hits to 26152 proteins in 3833 species: Archae - 221; Bacteria - 20797; Metazoa - 4; Fungi - 482; Plants - 3855; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1062 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9195602..9199486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 129276.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MVSGGGSKTS GGEAASSGHR RSRHTSAAEQ AQSSANKALR SQNQQPQNHG GGTESTNKAI QQYTVDARLH AVFEQSGESG KSFDYSQSLK TAPYDSSVPE 0101: QQITAYLSRI QRGGYTQPFG CLIAVEESTF TIIGYSENAR EMLGLMSQSV PSIEDKSEVL TIGTDLRSLF KSSSYLLLER AFVAREITLL NPIWIHSNNT 0201: GKPFYAILHR VDVGILIDLE PARTEDPALS IAGAVQSQKL AVRAISHLQS LPSGDIKLLC DTVVESVRDL TGYDRVMVYK FHEDEHGEVV AESKRNDLEP 0301: YIGLHYPATD IPQASRFLFK QNRVRMIVDC YASPVRVVQD DRLTQFICLV GSTLRAPHGC HAQYMTNMGS IASLAMAVII NGNEEDGNGV NTGGRNSMRL 0401: WGLVVCHHTS ARCIPFPLRY ACEFLMQAFG LQLNMELQLA LQVSEKRVLR MQTLLCDMLL RDSPAGIVTQ RPSIMDLVKC NGAAFLYQGK YYPLGVTPTD 0501: SQINDIVEWL VANHSDSTGL STDSLGDAGY PRAAALGDAV CGMAVACITK RDFLFWFRSH TEKEIKWGGA KHHPEDKDDG QRMNPRSSFQ TFLEVVKSRC 0601: QPWETAEMDA IHSLQLILRD SFKESEAMDS KAAAAGAVQP HGDDMVQQGM QEIGAVAREM VRLIETATVP IFAVDIDGCI NGWNAKIAEL TGLSVEDAMG 0701: KSLVRELIYK EYKETVDRLL SCALKGDEGK NVEVKLKTFG SELQGKAMFV VVNACSSKDY LNNIVGVCFV GQDVTGHKIV MDKFINIQGD YKAIIHSPNP 0801: LIPPIFAADE NTCCLEWNTA MEKLTGWPRS EVIGKLLVRE VFGSYCRLKG PDALTKFMIV LHNAIGGQDT DKFPFPFFDR KGEFIQALLT LNKRVSIDGK 0901: IIGAFCFLQI PSPELQQALE VQRRQESEYF SRRKELAYIF QVIKNPLSGL RFTNSLLEDM DLNEDQKQLL ETSVSCEKQI SKIVGDMDVK SIDDGSFLLE 1001: RTEFFIGNVT NAVVSQVMLV VRERNLQLIR NIPTEVKSMA VYGDQIRLQQ VLAEFLLSIV RYAPMEGSVE LHLCPTLNQM ADGFSAVRLE FRMACAGEGV 1101: PPEKVQDMFH SSRWTSPEGL GLSVCRKILK LMNGGVQYIR EFERSYFLIV IELPVPLMMM MPSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)