AT4G14850.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pentatricopeptide (PPR) protein that binds single-stranded RNA. The N-terminal portion of the protein can localize to the mitochondria. Mutations in this gene make plants less sensitive to inhibitors of the MEP and MVA pathways of isoprenoid biosynthesis and increase the activity of HMG CoA reductase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lovastatin insensitive 1 (LOI1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G09950.1); Has 35457 Blast hits to 13266 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 55; Fungi - 21; Plants - 34914; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 463 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8513947..8516275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75892.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 684 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLLSADALG LLLKNAISAS SMRLGRVVHA RIVKTLDSPP PPFLANYLIN MYSKLDHPES ARLVLRLTPA RNVVSWTSLI SGLAQNGHFS TALVEFFEMR 101: REGVVPNDFT FPCAFKAVAS LRLPVTGKQI HALAVKCGRI LDVFVGCSAF DMYCKTRLRD DARKLFDEIP ERNLETWNAF ISNSVTDGRP REAIEAFIEF 201: RRIDGHPNSI TFCAFLNACS DWLHLNLGMQ LHGLVLRSGF DTDVSVCNGL IDFYGKCKQI RSSEIIFTEM GTKNAVSWCS LVAAYVQNHE DEKASVLYLR 301: SRKDIVETSD FMISSVLSAC AGMAGLELGR SIHAHAVKAC VERTIFVGSA LVDMYGKCGC IEDSEQAFDE MPEKNLVTRN SLIGGYAHQG QVDMALALFE 401: EMAPRGCGPT PNYMTFVSLL SACSRAGAVE NGMKIFDSMR STYGIEPGAE HYSCIVDMLG RAGMVERAYE FIKKMPIQPT ISVWGALQNA CRMHGKPQLG 501: LLAAENLFKL DPKDSGNHVL LSNTFAAAGR WAEANTVREE LKGVGIKKGA GYSWITVKNQ VHAFQAKDRS HILNKEIQTT LAKLRNEMEA AGYKPDLKLS 601: LYDLEEEEKA AEVSHHSEKL ALAFGLLSLP LSVPIRITKN LRICGDCHSF FKFVSGSVKR EIIVRDNNRF HRFKDGICSC KDYW |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)