AT4G13780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methionine--tRNA ligase, putative / methionyl-tRNA synthetase, putative / MetRS, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
methionine--tRNA ligase, putative / methionyl-tRNA synthetase, putative / MetRS, putative; FUNCTIONS IN: methionine-tRNA ligase activity, tRNA binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, methionyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Aminoacyl-tRNA synthetase, class I (M) (InterPro:IPR015413), Methionyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002304), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding (InterPro:IPR013155), Methionyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal (InterPro:IPR014758), tRNA-binding domain (InterPro:IPR002547); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein (TAIR:AT2G40660.1); Has 17985 Blast hits to 17920 proteins in 2983 species: Archae - 503; Bacteria - 10276; Metazoa - 591; Fungi - 596; Plants - 228; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 5788 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7993366..7998433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89858.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 797 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDDGKSSPK LPIPGKRNIL ITSALPYVNN VPHLGNIIGC VLSADVYARY CRLRGYNAIY ICGTDEYGTA TETKALEENC TPKEICDKYH AIHKEVYDWF 101: GISFDKFGRT STPEQTEVCQ AIFNKLWDNK WLSENTMQQL YCDTCKKFLA DRLVEGSCPF EGCNYDSARG DQCEKCGKLL NPTELKDPKC KVCQNTPRIR 201: DTDHLFIELP LLKDRLEAYI KKTSVTGSWS QNAIQTTNAW LRDGLRQRCI TRDLKWGVPV PHEKYKDKVF YVWFDAPIGY VSITSCYTSE WEKWWKNPEN 301: VELYQFMGKD NVPFHTVMFP STQLGTEENW TLMKTISVTE YLNYEDGKFS KSKGVGVFGN DVKDTNIPVE VWRYYLLTNR PEVSDTSFSW TDLQAKLNGE 401: LLSNLGNFVN RVLSFIAKPD NAGYGSVIPD AHDAESHSLT KSLAEKVEKF VAEYVEAMEK VKLKQGLKTA MLISSEGNYY LQASQFWKLY KEDKPLCAVV 501: IRTAAGLVHL LAQLLEPFMP SFSCEVFKQL NLPPQFSLSD ERGEVLLASR PWDILPPSHR IGTPQPLFKE LENDEVARYR EKFAGSQSDR RARDEAANLA 601: DQLNKTKLSD AKKQKASSKG GGKPKPQPAA DREITMARLD IRVGKIVKAE KHPKADALYV EEIDVGGGEI RTVVSGLVKY IPLEEMQNRM VCVLCNLKPA 701: KMRDIVSQAM VLAASSSDGS KVELVEPPKT ANIGERVTFP GFEGEPDDVL NPKKKVWETL LVDLNTKENL VACYKDVPFT TSAGVCKVSS ISNGTIR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)