AT4G13660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.485 plasma membrane 0.254 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pinoresinol reductase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pinoresinol reductase involved in lignan biosynthesis. Expressed strongly in roots and less strongly in stems. Shows preference for pinoresinol and not lariciresinol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pinoresinol reductase 2 (PRR2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), NmrA-like (InterPro:IPR008030); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pinoresinol reductase 1 (TAIR:AT1G32100.1); Has 1530 Blast hits to 1530 proteins in 324 species: Archae - 16; Bacteria - 400; Metazoa - 3; Fungi - 451; Plants - 554; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 106 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7946283..7948252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35417.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKETNFGEKT RVLVVGGTGS LGRRIVSACL AEGHETYVLQ RPEIGVDIEK VQLLLSFKRL GAHLVEGSFS DHQSLVSAVK QVDVVVSAMS GVHFRTHNIP 101: VQLKLVAAIK EAGNVKRFLP SEFGMDPSRM GHAMPPGSET FDQKMEIRNA IKAAGISHTY LVGACFAAYF GGNLSQMGTL FPPKNKVDIY GDGNVKVVFV 201: DEDDMAKYTA KTLNDPRTLN KTVYVRPTDN ILTQMELVQI WEKLTEKELE KTYVSGNDFL ADIEDKEISH QAGLGHFYHI YYEGCLTDHE VGDDEEATKL 301: YPDVKYKRMD EYLKIFV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)