AT4G13250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chlorophyll b reductase involved in the degradation of chlorophyll b and LHCII (light harvesting complex II). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NON-YELLOW COLORING 1 (NYC1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Glucose/ribitol dehydrogenase (InterPro:IPR002347), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NYC1-like (TAIR:AT5G04900.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7684417..7686691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54848.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 496 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTLTKIQVY PQVLEHRLFF RDPIRVGSRL TCRERSNRVY VHRCEKKVER KRKVEKFKGN GSWDSLKSGF LGFSKLGFLS KDEYNQKVEN LEMVFSSVAV 101: QIARYIVTMT STGAILLIGF QLSGGDSSMN SLVWYSWLGG IIIGTMTGAN MVLEDHYRAG PRNVVITGST RGLGKALARE FLLSGDRVIV TSRSSESVDM 201: TVKELEQNLK EIMSNASESA RKKLSDAKVV GIACDVCKPE DVEKLSNFAV KELGSINIWI NNAGTNKGFR PLLEFTEEDI TQIVSTNLIG SILCTRGAMD 301: VMSRQHSGGH IFNMDGAGSG GSSTPLTAVY GSTKCGLRQF HGSIVKESQK TNVGLHTASP GMVLTELLLS GSSIKNKQMF NIICELPETV ARTLVPRMRV 401: VKGSGKAVNY LTPPRILLAI VTSWLRRGRW FDDQGRALYA AEADRLRNWA ENRTRLSLTD AMEMYTENTW VSVFSLSVVC AFIILQSTTP SSFPGT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)