AT4G12730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AF333971 Arabidopsis thaliana fasciclin-like arabinogalactan-protein 2 (Fla2) mRNA, complete cds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan 2 (FLA2); INVOLVED IN: response to cyclopentenone; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan 1 (TAIR:AT5G55730.2); Has 750 Blast hits to 734 proteins in 58 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 3; Fungi - 13; Plants - 722; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7491598..7492809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43450.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYLRRAATA LVLIFQLHLF LSLSNAHNIT RILAKDPDFS TFNHYLSATH LADEINRRQT ITVLAVDNSA MSSILSNGYS LYQIRNILSL HVLVDYFGTK 101: KLHQITDGST STASMFQSTG SATGTSGYIN ITDIKGGKVA FGVQDDDSKL TAHYVKSVFE KPYNISVLHI SQVLTSPEAE APTASPSDLI LTTILEKQGC 201: KAFSDILKST GADKTFQDTV DGGLTVFCPS DSAVGKFMPK FKSLSPANKT ALVLYHGMPV YQSLQMLRSG NGAVNTLATE GNNKFDFTVQ NDGEDVTLET 301: DVVTAKVMGT LKDQEPLIVY KIDKVLLPRE IYKAVKTSAP APKSSKKKPK NAEADADGPS ADAPSDDDVE VADDKNGAVS AMITRTSNVV TAIVGLCFGV 401: WLM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)