AT4G12080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT-hook motif nuclear-localized protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AT-hook motif nuclear-localized protein 1 (AHL1); FUNCTIONS IN: DNA binding; LOCATED IN: mitochondrion, nucleolus, nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AT hook motif DNA-binding family protein (TAIR:AT4G22770.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7239466..7241246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37313.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 356 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLNMESTGE AVRSTTGNDG GITVVRSDAP SDFHVAQRSE SSNQSPTSVT PPPPQPSSHH TAPPPLQIST VTTTTTTAAM EGISGGLMKK KRGRPRKYGP 101: DGTVVALSPK PISSAPAPSH LPPPSSHVID FSASEKRSKV KPTNSFNRTK YHHQVENLGE WAPCSVGGNF TPHIITVNTG EDVTMKIISF SQQGPRSICV 201: LSANGVISSV TLRQPDSSGG TLTYEGRFEI LSLSGSFMPN DSGGTRSRTG GMSVSLASPD GRVVGGGLAG LLVAASPVQV VVGSFLAGTD HQDQKPKKNK 301: HDFMLSSPTA AIPISSAADH RTIHSVSSLP VNNNTWQTSL ASDPRNKHTD INVNVT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)