AT4G10040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytochrome c. Promoter directs preferential expression in vascular tissues of cotyledons, leaves, roots, and hypocotyls, and in anthers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome c-2 (CYTC-2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome c, class IA/ IB (InterPro:IPR002327), Cytochrome c, class I (InterPro:IPR003088), Cytochrome c domain (InterPro:IPR009056); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CYTOCHROME C-1 (TAIR:AT1G22840.1); Has 4050 Blast hits to 4028 proteins in 748 species: Archae - 0; Bacteria - 1493; Metazoa - 643; Fungi - 252; Plants - 160; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1502 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6277083..6278281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12239.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 112 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASFDEAPPG NPKAGEKIFR TKCAQCHTVE KGAGHKQGPN LNGLFGRQSG TTPGYSYSAA NKSMAVNWEE KTLYDYLLNP KKYIPGTKMV FPGLKKPQDR 101: ADLIAYLKEG TA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)