AT4G07400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VIER F-box proteine 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an F-box protein. Based on genetic analysis appears to be functionally redundant with VFB1,2,and 4. When levels of all 4 genes are reduced plants show defects in growth and reduced levels of auxin response genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VIER F-box proteine 3 (VFB3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VIER F-box proteine 1 (TAIR:AT1G47056.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:4197847..4199511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61009.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 554 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNIYIFSKEK KRKKVVCDNL SKTRGSRREH CEPHRRRMGQ STSKFRRSKT TFTSPVLPNL REQNSGADEP YDYISNLPDE CLSLIFQSLT CADLKRCSLV 101: CRRWLTIEGQ CRHRLSLKAQ SDLISVIPSL FTRFDSVTKL VLRSDRRSLG ICDNAFVMIS VRCRNLTRLK LRGCPEISDL GIIGFTENCR SLKKVSFGSC 201: GFGVKGMNAL LNTCLGLEEL SVKRLRGIGA GAELIGPGGA AGSLKVICLK ELHNGQCFAP LLSGAKGLRI LKIFRCSGDW DRVFEAVRDK VNAIVEIHLE 301: RIQMSDLGLT ALSKCSGVEV LHLVKTPDCT NVGLALVAER CKLLRKLHID GWKTNRIGDE GLIVVAKYCW NLQELVLIGV NPTKLSLEAI VSNCLNLERL 401: ALCGSDTVGD TELCCIAEKC LALRKLCIKN CPITDDGIKA LGNGCPNLLK VKVKKCRGVT TQGADLLRKR RALLVVNLDA PETPIVEGSV GEGGAQENAV 501: EFPPSRLQIP TIGLASGSTS RSSSFKLRLG FLSQRNFVSC ALRRLGSRSR SRNE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)