AT4G05040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.887 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ankyrin repeat family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ankyrin repeat family protein (TAIR:AT4G14390.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2579888..2581774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62919.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 572 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSEAHLDR IEAQRSTDVS HDQQKKRYFP MNLINKVASK LCSRGGDGAT PPMGDNESGL EFLNNLKLSD LFHLPGENVQ MNTEVFSGLS DGDKECLEML 101: KGVGTPMACL KSDRGDSVLH LAARWGHLEL VKNIISECPC LVLELNFKDQ LPLHVAAHAG HSAIVEALVA SVTFFSDRLA EEDRERLNPY VLRDKYGNTA 201: LHLAIEGRYM EMAASLVNEN QNASFLENNE GISSLYMAVE AGDVTLVKEI LKTAGNNDLE GRNSNLDSKL EGRKHLVHVA LNARSIGVLD VILNEYPSLE 301: DERDEEGRTC LSFAASIGFY KGVCNLLDRS TKNVYVCDED GSFPIHTAAE NGHIRIVKEI LKRCPHSKHM LNKLGQNVLH IAAKIGEHNL VKSLMRSDDT 401: KHLGVGQDVD GNTPLHLAVL NWRYRSIRTL ASDVKILQLR NDNGLTARGI AESVLKPNYI FHERLTLAFL LDAHAFRGCG SVKSLTKPSE PLDHEKSRDY 501: VNTLLLVAAL VATMTFAAGF TIPGGFNSSA PHLGRATLTT DPNLFFFLLF DILAMQTSVA SICTLIYMGA VG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)