AT4G04930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a sphingolipid delta4-desaturase, involved in sphingolipid biosynthesis. Specifically expressed in floral tissues. Knockout mutants were devoid of sphinga-4,8-dienine in floral tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DES-1-LIKE; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, sphingolipid delta-4 desaturase activity; INVOLVED IN: sphingolipid biosynthetic process; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sphingolipid delta4-desaturase, N-terminal (InterPro:IPR013866), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804), Sphingolipid delta4-desaturase (InterPro:IPR011388); Has 703 Blast hits to 697 proteins in 257 species: Archae - 0; Bacteria - 174; Metazoa - 227; Fungi - 120; Plants - 36; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 143 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2509236..2510918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38509.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKGGREKIS SNEEEREGVM ATDFFWSYTD EPHASRRRQI LSCYPQIRQL FGPDPWAFLK ITLVVILQLS TAAILHNSGW LKILSIAYFF GSFLNHNLFL 101: AIHELSHNLA FSTPVYNRCL GIFANLPIGV PMSVTFQKYH LEHHRFQGVD GIDMDVPTYT EAHLVTNIFA KTIWVFLQLF FYALRPIFIK PKPPGYWEFI 201: NFLIQIVLDV SVVLFFGWRS FAYLILSTFV GGGMHPMAGH FISEHYVFNP NQETYSYYGP LNLLTWSVGY HNEHHDFPRI PGNKLHLVKE IAGEYYEGLE 301: SYKSWSQVIY MYIMDTTVGP YSRMKRKLSK SD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)