AT4G04780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.760 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mediator 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the med21 subunit of the mediator complex which is involved in transcriptional regulation. MED21 interacts physically with the E3 ligase HUB1 and this interaction may be important in mediation defense responses to fungal pathogens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mediator 21 (MED21); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex, subunit Med21 (InterPro:IPR021384); Has 261 Blast hits to 261 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 108; Fungi - 6; Plants - 134; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2432665..2433397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15041.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 139 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDIISQLQEQ VNTIAAITFN AFGTLQRDAP PVQLSPNYPE PPATTTVTDD ATPFPEQPKQ LSAGLVKAAK QFDALVAALP LSEGGEGAQL KRIAELQVEN 101: DLVGQELQKQ LEAAEKELKQ VQELFGQAAD NCLNMKKPE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)