AT4G03205.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Coproporphyrinogen III oxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
hemf2; FUNCTIONS IN: coproporphyrinogen oxidase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Coproporphyrinogen III oxidase (InterPro:IPR001260); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Coproporphyrinogen III oxidase (TAIR:AT1G03475.1); Has 4262 Blast hits to 4261 proteins in 1217 species: Archae - 0; Bacteria - 2128; Metazoa - 108; Fungi - 155; Plants - 83; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1788 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1412814..1413765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26135.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASHSSTLFT SPSSFILFSS HRLKSSPNYF TYHFPRSVKR PHFDLRCSVS IEKEVPETER PFTFLRVSDG DQTQSSSYSV RARFEKMIRT AQDKVCEAIE 101: AVEEGPKFKE DVWSRPGGGG GISRILQDGN VWEKAGVNVS VIYGVMPPEA YRAAKAATSE QKPGPIPFFA AGTSSVLHPQ NPFAPTLHFN YRYFETDAPK 201: DVPGAPRQWW FGGGTDFTPA YIFEEDVKHF HSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)