AT4G02610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase-type TIM barrel family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Aldolase-type TIM barrel family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tryptophan synthase, alpha chain, active site (InterPro:IPR018204), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060), Tryptophan synthase, alpha chain (InterPro:IPR002028); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tryptophan synthase alpha chain (TAIR:AT3G54640.1); Has 7706 Blast hits to 7706 proteins in 2293 species: Archae - 225; Bacteria - 4607; Metazoa - 6; Fungi - 175; Plants - 137; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2556 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1147662..1149217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29580.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 275 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLLKTPSST VGLSETFARL KSQGKVALIP YITAGDPDLS TTAKALKVLD SCGSDIIELG VPYSDPLADG PAIQAAARRS LLKGTNFNSI ISMLKEVIPQ 101: LSCPIALFTY YNPILRRGVE NYMTVIKNAG VHGLLVPDVP LEETETLRNE ARKHQIELVL LTTPTTPKER MNAIVEASEG FIYLVSSVGV TGTRESVNEK 201: VQSLLQQIKE ATSKPVAVGF GISKPEHVKQ VAEWGADGVI VGSAMVKILG ESESPEQGLK ELEFFTKSLK SALVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)