AT4G02075.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pitchoun 1 (PIT1); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3675 (InterPro:IPR022143), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, RING-CH-type (InterPro:IPR011016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein (TAIR:AT1G02610.1); Has 1559 Blast hits to 1554 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 678; Fungi - 105; Plants - 585; Viruses - 28; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:913555..916414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25320.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 218 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDVILFIDD TKSKVRITRC RICHEEEEES FFEVPCACSG TVKFAHRNCI QRWCNEKGNT TCEICLQVYK DGYTAVLKQS KLIEQEVTIR VNGRRRRRSR 101: RLVSIAESDI SQCNSVADRG ASFCRSLTFT LSVFLLMKHT FDVIYGTEEY PFSVFTVLTL KAIGILLPMF IIIRTISTIQ KTLRRRHQYP ESEEEDRLSS 201: DDDDDLEEED EEQQQHLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)