AT4G02020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a polycomb group protein. Forms part of a large protein complex that can include VRN2 (VERNALIZATION 2), VIN3 (VERNALIZATION INSENSITIVE 3) and polycomb group proteins FERTILIZATION INDEPENDENT ENDOSPERM (FIE) and CURLY LEAF (CLF). The complex has a role in establishing FLC (FLOWERING LOCUS C) repression during vernalization. Performs a partially redundant role to MEA in controlling seed initiation by helping to suppress central cell nucleusendosperm proliferation within the FG. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SWINGER (SWN); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), SET domain (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SET domain-containing protein (TAIR:AT2G23380.1); Has 5041 Blast hits to 4734 proteins in 465 species: Archae - 0; Bacteria - 399; Metazoa - 2132; Fungi - 472; Plants - 1030; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1008 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:886693..891743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95401.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 856 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTDDSNSSG RIKSHVDDDD DGEEEEDRLE GLENRLSELK RKIQGERVRS IKEKFEANRK KVDAHVSPFS SAASSRATAE DNGNSNMLSS RMRMPLCKLN 101: GFSHGVGDRD YVPTKDVISA SVKLPIAERI PPYTTWIFLD RNQRMAEDQS VVGRRQIYYE QHGGETLICS DSEEEPEPEE EKREFSEGED SIIWLIGQEY 201: GMGEEVQDAL CQLLSVDASD ILERYNELKL KDKQNTEEFS NSGFKLGISL EKGLGAALDS FDNLFCRRCL VFDCRLHGCS QPLISASEKQ PYWSDYEGDR 301: KPCSKHCYLQ LKAVREVPET CSNFASKAEE KASEEECSKA VSSDVPHAAA SGVSLQVEKT DIGIKNVDSS SGVEQEHGIR GKREVPILKD SNDLPNLSNK 401: KQKTAASDTK MSFVNSVPSL DQALDSTKGD QGGTTDNKVN RDSEADAKEV GEPIPDNSVH DGGSSICQPH HGSGNGAIII AEMSETSRPS TEWNPIEKDL 501: YLKGVEIFGR NSCLIARNLL SGLKTCLDVS NYMRENEVSV FRRSSTPNLL LDDGRTDPGN DNDEVPPRTR LFRRKGKTRK LKYSTKSAGH PSVWKRIAGG 601: KNQSCKQYTP CGCLSMCGKD CPCLTNETCC EKYCGCSKSC KNRFRGCHCA KSQCRSRQCP CFAAGRECDP DVCRNCWVSC GDGSLGEAPR RGEGQCGNMR 701: LLLRQQQRIL LGKSDVAGWG AFLKNSVSKN EYLGEYTGEL ISHHEADKRG KIYDRANSSF LFDLNDQYVL DAQRKGDKLK FANHSAKPNC YAKVMFVAGD 801: HRVGIFANER IEASEELFYD YRYGPDQAPV WARKPEGSKK DDSAITHRRA RKHQSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)