AT4G01220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.932 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Reticulon (InterPro:IPR003388), Nucleotide-diphospho-sugar transferase, predicted (InterPro:IPR005069); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rhamnogalacturonan xylosyltransferase 2 (TAIR:AT4G01750.1); Has 332 Blast hits to 328 proteins in 29 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 300; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:513431..515648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41122.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQKFLHQR PIQNPFTNPF SSSPLSTSSI SNRPISLLSR NGLLLLLALL VILGVFLPWA GSPLFPSPNK LSPSQSKWRD YSLPQAVKFV AKNGTVIVCA 101: VSYPYLPFLN NWLISVSRQK HQDQVLVIAE DYATLYKVNE KWPGHAVLIP PALDSQTAHK FGSQGFFNFT ARRPQHLLEI LELGYNVMYN DVDMVWLQDP 201: FQYLEGKHDA YFMDDMTAIK PLDHSHDLPP PGKKGRTYIC SCMIFLRPTN GAKLLMKKWI EELETQPWSR AKKANDQPGF NWALNKTANQ VDMYLLSQAA 301: FPTGGLYFKN KTWVKETKGK HAIIHNNYIV GFEKKIKRFR DFNLWLVDDH ASESPLGKLE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)