AT3G63440.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.904 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin oxidase/dehydrogenase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene used to be called AtCKX7. It encodes a protein whose sequence is similar to cytokinin oxidase/dehydrogenase, which catalyzes the degradation of cytokinins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin oxidase/dehydrogenase 6 (CKX6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain (InterPro:IPR015345), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin oxidase/dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G41510.1); Has 6490 Blast hits to 6485 proteins in 1279 species: Archae - 163; Bacteria - 4080; Metazoa - 140; Fungi - 1069; Plants - 530; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 508 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23424291..23426265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60003.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 533 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSYLHASLLR KRTMLIVRSF TILLLSCIAF KLACCFSSSI SSLKALPLVG HLEFEHVHHA SKDFGNRYQL IPLAVLHPKS VSDIASTIRH IWMMGTHSQL 101: TVAARGRGHS LQGQAQTRHG IVIHMESLHP QKLQVYSVDS PAPYVDVSGG ELWINILHET LKYGLAPKSW TDYLHLTVGG TLSNAGISGQ AFRHGPQISN 201: VHQLEIVTGK GEILNCTKRQ NSDLFNGVLG GLGQFGIITR ARIALEPAPT MVKWIRVLYL DFAAFAKDQE QLISAQGHKF DYIEGFVIIN RTGLLNSWRL 301: SFTAEEPLEA SQFKFDGRTL YCLELAKYLK QDNKDVINQE VKETLSELSY VTSTLFTTEV AYEAFLDRVH VSEVKLRSKG QWEVPHPWLN LLVPRSKINE 401: FARGVFGNIL TDTSNGPVIV YPVNKSKWDN QTSAVTPEEE VFYLVAILTS ASPGSAGKDG VEEILRRNRR ILEFSEEAGI GLKQYLPHYT TREEWRSHFG 501: DKWGEFVRRK SRYDPLAILA PGHRIFQKAV SYS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)