AT3G63130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAN GTPase activating protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a RAN GTPase activating protein involved in nuclear import, cell plate formation and mitotic spindle formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAN GTPase activating protein 1 (RANGAP1); FUNCTIONS IN: RAN GTPase activator activity; INVOLVED IN: M phase specific microtubule process, protein import into nucleus, cytokinesis; LOCATED IN: nuclear envelope, plasma membrane, chloroplast, cell division site, cell plate; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAN GTPase activating protein 2 (TAIR:AT5G19320.1); Has 11260 Blast hits to 5482 proteins in 299 species: Archae - 0; Bacteria - 610; Metazoa - 5101; Fungi - 238; Plants - 692; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4619 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23325108..23326715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58830.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 535 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDHSAKTTQN RVLSVKMWPP SKSTRLMLVE RMTKNITTPS IFSRKYGLLS VEEAEQDAKR IEDLAFATAN KHFQNEPDGD GTSAVHVYAK ESSKLMLDVI 101: KRGPQEESEV EVSKDGDVFF DISGGSRAFI EEEEARDLLR PLADPRNSYT KIRFSNRSFG SEAAKFAASV LSSIKDQLTE VDLSDFVAGR PEAEALEVMN 201: MFSSALEGSK LRYLNLSDNA LGEKGIRAFA SLINSQHDLE ELYLMNDGIS EDAARAVREL LPSTDKIRVL QFHNNMTGDE GATAIAEIVR ECPSLEDFRC 301: SSTRIGSEGG VALAEALEHC SHLKKLDLRD NMFGVEGGIA LAKTLSVLTH LTEIYMSYLN LEDEGTEALS EALLKSAPSL EVLELAGNDI TVKSTGNLAA 401: CIASKQSLAK LNLSENELKD EGTILIAKAV EGHDQLVEVD LSTNMIRRAG ARALAQTVVK KNTFKLLNIN GNFISEEGID EVNDMFKDCL DKLVPLDDND 501: PEGEDFEDED EEEEGEDGNE LESKLGSLKI KQGEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)