AT3G61830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : auxin response factor 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
auxin response factor 18 (ARF18); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to hormone stimulus, regulation of transcription, DNA-dependent, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), Transcriptional factor B3 (InterPro:IPR003340), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311), Auxin response factor (InterPro:IPR010525); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin response factor 11 (TAIR:AT2G46530.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22888171..22891179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67666.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 602 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVEGDDDF GSSSSRSYQD QLYTELWKVC AGPLVEVPRA QERVFYFPQG HMEQLVASTN QGINSEEIPV FDLPPKILCR VLDVTLKAEH ETDEVYAQIT 101: LQPEEDQSEP TSLDPPIVGP TKQEFHSFVK ILTASDTSTH GGFSVLRKHA TECLPSLDMT QATPTQELVT RDLHGFEWRF KHIFRGQPRR HLLTTGWSTF 201: VSSKRLVAGD AFVFLRGENG DLRVGVRRLA RHQSTMPTSV ISSQSMHLGV LATASHAVRT TTIFVVFYKP RISQFIVGVN KYMEAIKHGF SLGTRFRMRF 301: EGEESPERIF TGTIVGSGDL SSQWPASKWR SLQVQWDEPT TVQRPDKVSP WEIEPFLATS PISTPAQQPQ SKCKRSRPIE PSVKTPAPPS FLYSLPQSQD 401: SINASLKLFQ DPSLERISGG YSSNNSFKPE TPPPPTNCSY RLFGFDLTSN SPAPIPQDKQ PMDTCGAAKC QEPITPTSMS EQKKQQTSRS RTKVQMQGIA 501: VGRAVDLTLL KSYDELIDEL EEMFEIQGQL LARDKWIVVF TDDEGDMMLA GDDPWNEFCK MAKKIFIYSS DEVKKMTTKL KISSSLENEE YGNESFENRS 601: RG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)