AT3G61740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain protein 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SET domain protein 14 (SDG14); FUNCTIONS IN: DNA binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Post-SET domain (InterPro:IPR003616), PWWP (InterPro:IPR000313), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SET domain group 29 (TAIR:AT5G53430.1); Has 7747 Blast hits to 7403 proteins in 492 species: Archae - 2; Bacteria - 431; Metazoa - 3506; Fungi - 851; Plants - 1524; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1433 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22851133..22856548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 115694.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1018 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MILKRTLTTF ENQNLKRCKI DSEIEYGRKK GEIIVYKKRQ RATVDQPCSK EPELLTSSSS SLTSKEESQQ VCSDQSKSSR GRVRAVPSRF KDSIVGTWKS 0101: SRRKGESTES SHDDDDVSLG KKVKGFSGSS KLHRSKDSKV FPRKDNGDSS EVDCDYWDVQ ISYDDANFGM PKKSDASRKG VYKPEEFTVG DLVWAKCGKR 0201: FPAWPAVVID PISQAPDGVL KHCVPGAICV MFFGYSKDGT QRDYAWVRQG MVYPFTEFMD KFQDQTNLFN YKASEFNKAL EEAVLAENGN FGDAEIISPD 0301: SSATESDQDY GPASRFQGSY HEDIRTCDGC GSVMPLKSLK RTKDSQPEEL LCKHCSKLRK SNQYCGICKR IWHPSDDGDW VCCDGCDVWV HAECDNITNE 0401: RFKELEHNNY YCPDCKVQHE LTPTILEEQN SVFKSTEKTT ETGLPDAITV VCNGMEGTYI RKFHAIECKC GSCGSRKQSP SEWERHTGCR AKKWKYSVRV 0501: KDTMLPLEKW IAEFSTYTLE TQMLDKQKML SLLEEKYEPV RAKWTTERCA VCRWVEDWEE NKMIICNRCQ VAVHQECYGV SKSQDLTSWV CRACETPDIE 0601: RDCCLCPVKG GALKPSDVEG LWVHVTCAWF RPEVGFLNHE NMEPAVGLFK IPANSFLKVC TICKQTHGSC VHCCKCATHF HAMCASRAGY NMELHCLEKN 0701: GVQRTRKSVY CSFHRKPDPD SVVVVHTPSG VFGSRNLLQN QYGRAKGSRL VLTKKMKLPG FQTQTQAEQS RVFDSLSAAR CRIYSRSNTK IDLEAISHRL 0801: KGPSHHSLSA IENLNSFKAS FSFRAPFMSV FCFLGATFSE YLRKILISIY LVTHQEADFT SFRERLKHLQ RTENFRVCFG KSGIHGWGLF ARKSIQEGEM 0901: IIEYRGVKVR RSVADLREAN YRSQGKDCYL FKISEEIVID ATDSGNIARL INHSCMPNCY ARIVSMGDGE DNRIVLIAKT NVAAGEELTY DYLFEVDESE 1001: EIKVPCLCKA PNCRKFMN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)