AT3G61710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AUTOPHAGY 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes autophagy protein 6 (ATG6), required for pollen germination and plant development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUTOPHAGY 6 (ATG6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 6 (InterPro:IPR007243); Has 1006 Blast hits to 978 proteins in 347 species: Archae - 9; Bacteria - 233; Metazoa - 313; Fungi - 165; Plants - 83; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 191 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22839477..22842253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58507.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 517 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRKEEIPDKS RTIPIDPNLP KWVCQNCHHS LTIVGVDSYA GKFFNDPPPS ATQGSSIHGA NSVLGSTRMD NSFVVLPRHK PPQSQGIPPR PRGASSPQPD 101: ATQSGKAMEE SFVVVYKSEP VSDSGGSHNL SLEVGQNGPL HSNTSGFNAT INVLTRAFDI ARTQTQVEQP LCLECMRVLS DKLEKEVEDV TRDVEAYEAC 201: VQRLEGETQD VLSEADFLKE KKKIEEEERK LVAAIEETEK QNAEVNHQLK ELEFKGNRFN ELEDRYWQEF NNFQFQLIAH QEERDAILAK IEVSQAHLEL 301: LNKTNVLIDA FPIRNDGEFG TINNFRLGRL PAIKVEWDEI NAAWGQACLL LHTMCNYFRP KFQCQVKIQP MGSYPRIVDS NNETYELFGP VNLFWSTRYD 401: KAMTLYLMCL KDFADFANSK DQENNIPPDN CLNLPYKIEK DKVLGYSITQ SFNKQESWTK ALKYTLCNLK WALYWFVGNT NFQPLSATVS LPSNISAAGS 501: LYAKRGPDSS KPSCKKT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)