AT3G60900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan-protein 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan-protein 10 (FLA10); LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinogalactan protein 8 (TAIR:AT2G45470.1); Has 12874 Blast hits to 6768 proteins in 802 species: Archae - 107; Bacteria - 3922; Metazoa - 1175; Fungi - 784; Plants - 2143; Viruses - 697; Other Eukaryotes - 4046 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22499573..22500841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43609.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSRAFTLF AFTLSLLTVA STVSGHNITQ ILSDTPEYSS FNNYLSQTKL ADEINSRTTI TVLVLNNGAM SSLAGKHPLS VVKNALSLLV LLDYYDPLKL 101: HQLSKGTTLT TTLYQTTGHA LGNLGFVNVT DLKGGKVGFG SAAPGSKLDS SYTKSVKQIP YNISVLEINA PIIAPGILTA PAPSSAGVSN ITGLLEKAGC 201: KTFANLLVSS GVIKTFESTV EKGLTVFAPS DEAFKARGVP DLTNLTQAEV VSLLEYHALA EYKPKGSLKT NKDAISTLAT NGAGKYDLTT STSGDEVILH 301: TGVGPSRLAD TVVDETPVVI FTVDNVLLPA ELFGKSSSPA PAPEPVSAPT PTPAKSPSPV EAPSPTAASP PAPPVDESSP EGAPSDSPTS SENSNAKNAA 401: FHVNAPALFT ALVTIAATSL LL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)