AT3G60620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytidinediphosphate diacylglycerol synthase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
cytidinediphosphate diacylglycerol synthase 5 (CDS5); FUNCTIONS IN: phosphatidate cytidylyltransferase activity; INVOLVED IN: phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, plastid, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidate cytidylyltransferase (InterPro:IPR000374); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytidinediphosphate diacylglycerol synthase 4 (TAIR:AT2G45150.1); Has 7499 Blast hits to 7495 proteins in 2619 species: Archae - 0; Bacteria - 5196; Metazoa - 180; Fungi - 139; Plants - 139; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1845 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22406537..22408239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43254.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 399 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPFVEVCRY KPLPLSLSSL CTCPCRSSPR KYLILPQFSE KYPKPLLSHS RFTPISVNRR VITAVARAES NQIGDDANSK EEHNIDQELQ NVEEDSSLDD 101: QKQKSRSQFK KRVTFGLGIG LSVGGIVLAG GWVFTVAVAA AVLLSAREYF ELVRSKGIAQ GMTPPPRYLS RVCSIICALM PILTLYFGHI DISITSAAFV 201: VAMALLLQRG NPRFSQLSST MFGLFYCGYL PCFWVKLRCG LTAPVLNTGI GRSWPTILGG QAHWTVGLVA ILISFCGIIA SDTFAFLGGK AFGRTPLISI 301: SPKKTWEGAF AGLVGCISIT ILLSKSLSWP QSLVSTIAFG VLNFFGSVFG DLTESMIKRD AGVKDSGSLI PGHGGILDRV DSYIFTGALA YSFVRLHGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)