AT3G60020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 5 (SK5); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: E3 ubiquitin ligase, SCF complex, Skp subunit (InterPro:IPR016897), SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 4 (TAIR:AT1G20140.1); Has 1410 Blast hits to 1406 proteins in 267 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 537; Fungi - 177; Plants - 527; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 158 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22164844..22165305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17444.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 153 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTKIMLKSS DGKSFEIDED VARKSIAINH MVEDGCATDV IPLRNVTSKI LKIVIDYCEK HVKSKEEEDL KEWDADFMKT IETTILFDVM MAANYLNIQS 101: LLDLTCKTVS DLLQADLLSG KTPDEIRAHF NIENDLTAEE VAKIREENQW AFQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)