AT3G59990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.710 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : methionine aminopeptidase 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a MAP2 like methionine aminopeptidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methionine aminopeptidase 2B (MAP2B); FUNCTIONS IN: metalloexopeptidase activity, aminopeptidase activity; INVOLVED IN: protein processing; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 (InterPro:IPR002468), Peptidase M24, structural domain (InterPro:IPR000994), Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site (InterPro:IPR018349), Peptidase M24, methionine aminopeptidase (InterPro:IPR001714); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methionine aminopeptidase 2A (TAIR:AT2G44180.1); Has 5644 Blast hits to 5631 proteins in 1905 species: Archae - 231; Bacteria - 3326; Metazoa - 515; Fungi - 331; Plants - 172; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1069 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22155921..22158551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49062.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASESPDVAV VAPVVENGGA ESSNGKEEQL ESELSKKLEI AEDGQEENDG EEGSKAETST KKKKKKNKSK KKKELPQQTD PPSIPVVELF PSGEFPEGEI 101: QEYKDDNLWR TTSEEKRELE RFEKPIYNSV RRAAEVHRQV RKYVRSIVKP GMLMTDICET LENTVRKLIS ENGLQAGIAF PTGCSLNWVA AHWTPNSGDK 201: TVLQYDDVMK LDFGTHIDGH IIDCAFTVAF NPMFDPLLAA SREATYTGIK EAGIDVRLCD IGAAIQEVME SYEVEINGKV FQVKSIRNLN GHSIGPYQIH 301: AGKSVPIVKG GEQTKMEEGE FYAIETFGST GKGYVREDLE CSHYMKNFDA GHVPLRLPRA KQLLATINKN FSTLAFCRRY LDRIGETKYL MALKNLCDSG 401: IVQPYPPLCD VKGSYVSQFE HTILLRPTCK EVLSKGDDY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)