AT3G59420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : crinkly4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a membrane localized protein with similarity to receptor kinases which is involved in epidermal cell differentiation. Flowers of mutants have disorganized ovule integument growth and abnormal sepal margins. In the roots, mutants initiate more lateral roots but fewer laterals actually emerge due to defects in lateral root formation. Mutants also display disorganized columella. The root phenotypes can be traced to abnormalities in asymmetric divisions in the pericycle and root apex. Conflicting data regarding the role of the kinase domain- which may or may not be required for function. Complementation studies indicate that the C-terminal domain is also not required for signaling function. May be regulated by protein turnover which is mediated by endocytic processes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
crinkly4 (CR4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region (InterPro:IPR001368), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II (InterPro:IPR009091), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CRINKLY4 related 2 (TAIR:AT2G39180.1); Has 114508 Blast hits to 112789 proteins in 4411 species: Archae - 95; Bacteria - 12671; Metazoa - 42599; Fungi - 9662; Plants - 32482; Viruses - 390; Other Eukaryotes - 16609 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21959871..21962558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 98186.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 895 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRMFETRARE WILLVKLVLF TSIWQLASAL GSMSSIAISY GEGGSVFCGL KSDGSHLVVC YGSNSAILYG TPGHLQFIGL TGGDGFMCGL LMLSHQPYCW 101: GNSAFIQMGV PQPMTKGAEY LEVSAGDYHL CGLRKPIVGR RKNSNIISSS LVDCWGYNMT RNFVFDKQLH SLSAGSEFNC ALSSKDKSVF CWGDENSSQV 201: ISLIPKEKKF QKIAAGGYHV CGILDGLESR VLCWGKSLEF EEEVTGTSTE EKILDLPPKE PLLAVVGGKF YACGIKRYDH SAVCWGFFVN RSTPAPTGIG 301: FYDLAAGNYF TCGVLTGTSM SPVCWGLGFP ASIPLAVSPG LCIDTPCPPG THELSNQENS PCKFTGSHIC LPCSTSCPPG MYQKSVCTER SDQVCVYNCS 401: SCSSHDCSSN CSSSATSGGK EKGKFWSLQL PIATAEIGFA LFLVAVVSIT AALYIRYRLR NCRCSENDTR SSKDSAFTKD NGKIRPDLDE LQKRRRARVF 501: TYEELEKAAD GFKEESIVGK GSFSCVYKGV LRDGTTVAVK RAIMSSDKQK NSNEFRTELD LLSRLNHAHL LSLLGYCEEC GERLLVYEFM AHGSLHNHLH 601: GKNKALKEQL DWVKRVTIAV QAARGIEYLH GYACPPVIHR DIKSSNILID EEHNARVADF GLSLLGPVDS GSPLAELPAG TLGYLDPEYY RLHYLTTKSD 701: VYSFGVLLLE ILSGRKAIDM HYEEGNIVEW AVPLIKAGDI NALLDPVLKH PSEIEALKRI VSVACKCVRM RGKDRPSMDK VTTALERALA QLMGNPSSEQ 801: PILPTEVVLG SSRMHKKSWR IGSKRSGSEN TEFRGGSWIT FPSVTSSQRR KSSASEGDVA EEEDEGRKQQ EALRSLEEEI GPASPGQSLF LHHNF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)