AT3G58990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : isopropylmalate isomerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopropylmalate isomerase 1 (IPMI1); FUNCTIONS IN: hydro-lyase activity, 3-isopropylmalate dehydratase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: plastid; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-isopropylmalate dehydratase, small subunit-like (InterPro:IPR012305), Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel (InterPro:IPR000573), Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel (InterPro:IPR015928), Aconitase-like core (InterPro:IPR015937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase protein (TAIR:AT2G43090.1); Has 8940 Blast hits to 8939 proteins in 2288 species: Archae - 372; Bacteria - 5509; Metazoa - 6; Fungi - 358; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2624 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21797524..21798285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27209.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSQQFLNP TLFKSLASSN KNSCTLCPSP FLQLKSASTI FNYKPLTSSS ATIITRVAAS SSDSGESITR ETFHGLCFVL KDNIDTDQII PAEYGTLIPS 101: IPEDREKLGS FALNGLPKFY NERFVVPGEM KSKYSVIIGG DNFGCGSSRE HAPVCLGAAG AKAVVAESYA RIFFRNCVAT GEIFPLESEV RICDECKTGD 201: VVTIEHKEDG SSLLINHTTR KEYKLKPLGD AGPVIDAGGI FAYARKAGMI PSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)