AT3G58750.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : citrate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a peroxisomal citrate synthase that is expressed throughout seedling and shoot development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
citrate synthase 2 (CSY2); FUNCTIONS IN: citrate (SI)-synthase activity; INVOLVED IN: fatty acid beta-oxidation, tricarboxylic acid cycle; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Citrate synthase, type II (InterPro:IPR010953), Citrate synthase-like, large alpha subdomain (InterPro:IPR016142), Citrate synthase active site (InterPro:IPR019810), Citrate synthase-like, core (InterPro:IPR016141), Citrate synthase-like (InterPro:IPR002020); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: citrate synthase 3 (TAIR:AT2G42790.1); Has 13448 Blast hits to 13446 proteins in 3190 species: Archae - 173; Bacteria - 8550; Metazoa - 303; Fungi - 319; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3925 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21724564..21727458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56606.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEISQRVKAR LAVLTAHLAV SDTVGLEQVL PAIAPWCTSA HITAAPHGSL KGNLTIVDER TGKKYQVPVS EHGTVKAVDL KKITTGKDDK GLKLYDPGYL 101: NTAPVRSSIC YIDGDEGILR YRGYPIEELA ESSTFIEVAY LLMYGNLPSQ SQLADWEFTV SQHSAVPQGV LDIIQSMPHD AHPMGVLVSA MSALSIFHPD 201: ANPALSGQDI YKSKQVRDKQ IVRILGKAPT IAAAAYLRTA GRPPVLPSAN LSYSENFLYM LDSMGNRSYK PNPRLARVLD ILFILHAEHE MNCSTAAARH 301: LASSGVDVYT ACAGAVGALY GPLHGGANEA VLKMLAEIGT AENIPDFIEG VKNRKRKMSG FGHRVYKNYD PRAKVIKKLA DEVFSIVGRD PLIEVAVALE 401: KAALSDEYFV KRKLYPNVDF YSGLIYRAMG FPPEFFTVLF AVPRMAGYLS HWRESLDDPD TRIMRPQQAY TGVWMRHYEP VRERTLSSDS DKDKFGQVSI 501: SNASRRRLAG SSAL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)