AT3G58180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.705 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARM repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: phycobilisome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), PBS lyase HEAT-like repeat (InterPro:IPR004155); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT3G62530.1); Has 1934 Blast hits to 1064 proteins in 388 species: Archae - 226; Bacteria - 670; Metazoa - 295; Fungi - 345; Plants - 90; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 308 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21544189..21545981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34094.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESNGSVSSM VNLEKFLCER LVDQSQPISE RFRALFSLRN LKGPGPRNAL ILASRDSSNL LAHEAAFALG QMQDAEAIPA LESVLNDMSL HPIVRHEAAE 101: ALGAIGLAGN VNILKKSLSS DPAQEVRETC ELALKRIEDM SNVDAENQSS TTEKSPFMSV DPAGPAASFS SVHQLRQVLL DETKGMYERY AALFALRNHG 201: GEEAVSAIVD SLSASSALLR HEVAYVLGQL QSKTALATLS KVLRDVNEHP MVRHEAAEAL GSIADEQSIA LLEEFSKDPE PIVAQSCEVA LSMLEFENSG 301: KSFEFFFTQD PLVH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)