AT3G55530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an intracellular membrane localized protein with E3 ligase activity that is involved in regulation of ABA signaling. Loss of function alleles show decreased sensitivity to ABA. Overexpression results in increased sensitivity to ABA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SALT- AND DROUGHT-INDUCED RING FINGER1 (SDIR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G04790.1); Has 9775 Blast hits to 9747 proteins in 287 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2690; Fungi - 760; Plants - 4971; Viruses - 89; Other Eukaryotes - 1259 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20595300..20597188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30186.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFVFRGSRG DLESGFSGGF LPERRAMRVH GARPVNSNSL AFLVTVLLLF MILNSHQMPP NFLLWLVLGV FLMATTLRMY ATCQQLQAHA QAQAAAASGL 101: FSHTELRLHV PPSIALATRG RLQGLRLQLA LLDREFDDLD YETLRALDSD NVSTTSMSEE EINALPVHKY KVLDPENGCS LAKQASTSSS AEKMLDSANE 201: SKKGTEDELT CSVCLEQVTV GEIVRTLPCL HQFHAGCIDP WLRQQGTCPV CKFRAHSGWQ EQDEIDDDAS DMV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)