AT3G55260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-hexosaminidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with β-hexosaminidase activity (the enzyme is active with p-nitrophenyl-β-N-acetylglucosaminide as substrate but displayed only a minor activity toward p-nitrophenyl-β-N-acetylgalactosaminide). The enzyme displays no distinct preference for a specific terminal GlcNAc residue and indeed cleaved the asialoagalactodabsylglycopeptide GnGn to a mixture of products. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-hexosaminidase 1 (HEXO1); FUNCTIONS IN: hexosaminidase activity, beta-N-acetylhexosaminidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: vacuole, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core (InterPro:IPR015883), Beta-N-acetylhexosaminidase, subunit a/b (InterPro:IPR015882), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 20 (InterPro:IPR001540), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-hexosaminidase 3 (TAIR:AT1G65590.1); Has 3779 Blast hits to 3705 proteins in 735 species: Archae - 2; Bacteria - 2420; Metazoa - 475; Fungi - 222; Plants - 128; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 532 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20489317..20492858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61233.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 541 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTNLLRLIL LFITLSITSS LSTPSPADSP PYLWPLPAEF SFGNETLSVD PTVTLIVAGN GGGSLIIRAA FDRYMGIIFK HASGRGSLLS RIRFLKMVEY 101: DITSLKIVVH SDSEELQLGV DESYTLMVSK KNEQSIVGAA TIEANTVYGA LRGLETFSQL CAFDYITKSV QIYKAPWYIQ DKPRFGYRGL LIDTSRHYLP 201: IDVIKQIIES MSFAKLNVLH WHIVDEQSFP LETPTYPNLW KGAYSRWERY TVEDASEIVR FAKMRGINVM AEVDVPGHAE SWGTGYPDLW PSLSCREPLD 301: VTKNFTFDVI SGILADMRKI FPFELFHLGG DEVNTDCWKN TTHVKEWLQG RNFTTKDAYK YFVLRAQQIA ISKNWTPVNW EETFSSFGKD LDPRTVIQNW 401: LVSDICQKAV AKGFRCIFSN QGYWYLDHLD VPWEEVYNTE PLNGIEDPSL QKLVIGGEVC MWGETADTSV VLQTIWPRAA AAAERMWSTR EAVSKGNITL 501: TALPRLHYFR CLLNNRGVPA APVDNFYARR PPLGPGSCYA Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)