AT3G55120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.790 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chalcone-flavanone isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Catalyzes the conversion of chalcones into flavanones. Required for the accumulation of purple anthocyanins in leaves and stems. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRANSPARENT TESTA 5 (TT5); FUNCTIONS IN: chalcone isomerase activity; INVOLVED IN: response to UV, response to UV-B, response to karrikin, response to sucrose stimulus, flavonoid biosynthetic process; LOCATED IN: plant-type vacuole membrane, endoplasmic reticulum, extrinsic to endoplasmic reticulum membrane, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chalcone isomerase, subgroup (InterPro:IPR003466), Chalcone isomerase, 3-layer sandwich (InterPro:IPR016088), Chalcone isomerase (InterPro:IPR016087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chalcone-flavanone isomerase family protein (TAIR:AT5G66230.2); Has 391 Blast hits to 390 proteins in 83 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 390; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20430248..20431415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26597.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 246 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSNACASP SPFPAVTKLH VDSVTFVPSV KSPASSNPLF LGGAGVRGLD IQGKFVIFTV IGVYLEGNAV PSLSVKWKGK TTEELTESIP FFREIVTGAF 101: EKFIKVTMKL PLTGQQYSEK VTENCVAIWK QLGLYTDCEA KAVEKFLEIF KEETFPPGSS ILFALSPTGS LTVAFSKDDS IPETGIAVIE NKLLAEAVLE 201: SIIGKNGVSP GTRLSVAERL SQLMMKNKDE KEVSDHSVEE KLAKEN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)