AT3G55110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: white-brown complex homolog 19 (TAIR:AT3G55130.1); Has 385599 Blast hits to 351876 proteins in 4105 species: Archae - 7169; Bacteria - 305821; Metazoa - 8275; Fungi - 6295; Plants - 5429; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 52598 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20424766..20426892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78704.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 708 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPRVSAEILD ISHTGGNESP TLGELLKDFN DSGRKKYPGE NAPTQHILDL APAAETRSVP FLLSFNNLSY NVVLRRRFDF SRRKTASVKT LLDDITGEAR 101: DGEILAVLGG SGAGKSTLID ALAGRVAEDS LKGTVTLNGE KVLQSRLLKV ISAYVMQDDL LFPMLTVKET LMFASEFRLP RSLPKSKKME RVETLIDQLG 201: LRNAADTVIG DEGHRGVSGG ERRRVSIGID IIHDPILLFL DEPTSGLDST NAFMVVQVLK RIAQSGSVVI MSIHQPSARI IGLLDRLIIL SHGKSVFNGS 301: PVSLPSFFSS FGRPIPEKEN ITEFALDVIR ELEGSSEGTR DLVEFNEKWQ QNQTARATTQ SRVSLKEAIA ASVSRGKLVS GSSGANPISM ETVSSYANPP 401: LAETFILAKR YIKNWIRTPE LIGMRIGTVM VTGLLLATVY WRLDNTPRGA QERMGFFAFG MSTMFYCCAD NIPVFIQERY IFLRETTHNA YRTSSYVISH 501: ALVSLPQLLA LSIAFAATTF WTVGLSGGLE SFFYYCLIIY AAFWSGSSIV TFISGLIPNV MMSYMVTIAY LSYCLLLGGF YINRDRIPLY WIWFHYISLL 601: KYPYEAVLIN EFDDPSRCFV KGVQVFDGTL LAEVSHVMKV KLLDTLSGSL GTKITESTCL RTGPDLLMQQ GITQLSKWDC LWITLAWGLF FRILFYLSLL 701: FGSKNKRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)