AT3G55030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylglycerolphosphate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a phosphatidylglycerolphosphate synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylglycerolphosphate synthase 2 (PGPS2); FUNCTIONS IN: CDP-alcohol phosphatidyltransferase activity, CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase activity; INVOLVED IN: phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: microsome, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase (InterPro:IPR004570), CDP-alcohol phosphatidyltransferase (InterPro:IPR000462); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylglycerolphosphate synthase 1 (TAIR:AT2G39290.1); Has 7778 Blast hits to 7778 proteins in 2365 species: Archae - 2; Bacteria - 5045; Metazoa - 114; Fungi - 125; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2372 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20396860..20398224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25221.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGEEDTATVD QNSFGGGKDS LLRNRHSSPL PSPTQLSSKV ITLPTVLTLG RVAAVPILVA TFYVDCWWGR TATTSIFIAA AITDWLDGYI ARKMRLGSEF 101: GAFLDPVADK LMVAATLILL CTKPMVAVVL GPVPWLVTVP SIAIIGREIT MSAVREWAAS QNGKLSEAVA VNSLGKWKTA TQMIALTILL ASRDSSFERL 201: LPSGIGLLYV SAGLSIWSLV VYMRKIWRVL LKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)