AT3G54420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of carrot EP3-3 chitinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an EP3 chitinase that is expressed during somatic embryogenesis in 'nursing' cells surrounding the embryos but not in embryos themselves. The gene is also expressed in mature pollen and growing pollen tubes until they enter the receptive synergid, but not in endosperm and integuments as in carrot. Post-embryonically, expression is found in hydathodes, stipules, root epidermis and emerging root hairs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of carrot EP3-3 chitinase (EP3); FUNCTIONS IN: chitinase activity; INVOLVED IN: somatic embryogenesis, plant-type hypersensitive response; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chitinase family protein (TAIR:AT2G43590.1); Has 2660 Blast hits to 2432 proteins in 504 species: Archae - 0; Bacteria - 547; Metazoa - 34; Fungi - 178; Plants - 1776; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20145935..20147034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29437.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLTPTISKSI SLVTILLVLQ AFSNTTKAQN CGCSSELCCS QFGFCGNTSD YCGVGCQQGP CFAPPPANGV SVAEIVTQEF FNGIISQAAS SCAGNRFYSR 101: GAFLEALDSY SRFGRVGSTD DSRREIAAFF AHVTHETGHF CYIEEIDGAS KDYCDENATQ YPCNPNKGYY GRGPIQLSWN FNYGPAGTAI GFDGLNAPET 201: VATDPVISFK TALWYWTNRV QPVISQGFGA TIRAINGALE CDGANTATVQ ARVRYYTDYC RQLGVDPGNN LTC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)