AT3G54130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Josephin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Josephin family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Machado-Joseph disease protein MJD (InterPro:IPR006155); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: JOSEPHIN-like protein (TAIR:AT2G29640.1); Has 590 Blast hits to 584 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 441; Fungi - 14; Plants - 76; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 59 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20042895..20044429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30693.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERTSNGGML YHEVQESNLC AVHCVNTVLQ GPFFSEFDLA AVAADLDGKE RQVMLEGAAV GGFAPGDFLA EESHNVSLGG DFSIQVLQKA LEVWDLQVIP 101: LNCPDAEPAQ IDPELESAFI CHLHDHWFCI RKVNGEWYNF DSLLAAPQHL SKFYLSAFLD SLKGAGWSIF IVKGNFPQEC PMSSSSEASN SFGQWLSPED 201: AERIRKNTSS GSSARNKRSN DNVNQQRRNQ ALSREEVQAF SEMEDDDLKA AIAASLLDAS AAEANLGAVG TSEKETEKQK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)