AT3G53780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.922 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like protein 4 (RBL4); FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S54, rhomboid (InterPro:IPR002610); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like 1 (TAIR:AT2G29050.1); Has 6501 Blast hits to 6500 proteins in 1879 species: Archae - 139; Bacteria - 4229; Metazoa - 522; Fungi - 151; Plants - 328; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19924729..19926025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29451.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 270 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGLDVKKVV KGDEGWRLLS CNWLHGGVVH LLMNMLTLLF IGIRMEREFG FIRIGLLYLI SGFGGSILSA LFLRSNISVG ASGAVFGLLG GMLSEIFINW 101: TIYSNKVVTI VTLVLIVAVN LGLGVLPGVD NFAHIGGFAT GFLLGFVLLI RPHYGWINQR NGPGAKPHRF KIYQGILWTI SLLILVAGFI VGLISLFNNV 201: DGNEHCSWCH YLSCVPTSKW SCNREPASCT TTQLGNQLSM TCLRNGKSAS YILANPSDSR INSLCVQLCR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)