AT3G53690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT3G14250.1); Has 3158 Blast hits to 3141 proteins in 218 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1307; Fungi - 709; Plants - 671; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 471 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19898997..19900044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36547.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATQSVNAVI VDLPGDVNDD GDNSDCFIFS TPPLSARGST KRDAISVENY DRDRKLQRLW VYPPHKTVIK SESPIYIDLD LYDDEDDDIR ILCFAPPIHR 101: EKGQSSSSKT ATFDCEICVD SKSIIESFRI GGCSHFYCND CVSKYIAAKL QDNILSIECP VSGCSGRLEP DQCRQILPKE VFDRWGDALC EAVVMRSKKF 201: YCPYKDCSAL VFLEESEVKM KDSECPHCHR MVCVECGTQW HPEMTCEEFQ KLAANERGRD DILLATMAKQ KKWKRCPSCK FYIEKSQGCL YMKCRCGLAF 301: CYNCGTPSRD HTHYCYNCKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)